Храм во имя Сошествия Святого Духа на Апостолов заложен в 1888 году по благословению епископа Архангельского и Холмогорского Нафанаила (Соборова). Освящен 10 сентября 1890 года. Строилась церковь на средства емецких крестьян братьев Феодора и Димитрия Вальневых и их матери Екатерины. Храм располагался на приходском кладбище, находившемся между селом Емецким и деревней Хвостовской (в древности на месте кладбища стоял Покровский монастырь, сгоревший в 1760 году).

Свято-Духовский храм выстроен в деревянном исполнении на каменном фундаменте, снаружи обшит тесом и выкрашен белой краской. Завершалась церковь главкой с деревянным крестом, которые были обиты железом. Над западными входными дверями на специальном балконе располагалась небольшая звонница. Позднее, в начале XX века к храму пристроена новая двухъярусная колокольня. Храм и кладбище были обнесены деревянной оградой. Интерьер храма украшали резной позолоченный иконостас и настенные росписи.

Храм просуществовал до 1930-х годов, когда был закрыт и разграблен. В это же время ликвидировали и кладбище, а его территорию отдали под жилую застройку. В середине 1940-х годов здание храма привели в «некультовый вид»: снесли верхнюю часть храма, опустив кровлю до уровня крыши алтаря и трапезной, была разрушена и колокольня. В храме разместилась столовая Емецкой запани. С 1970-х годов и до 2011 года здание храма принадлежало Емецкой больнице. В нем располагались: больничная кухня, детская консультация, лаборатория, процедурный кабинет, а в последнее время флюорография и зубопротезный кабинет.

Распоряжением главы МО "Холмогорский район" от 18 августа 2014 года (в сответствии с решением собрания депутатов МО "Холмогорский район" от 4 ноября 2012 года) храм Сошествия Святого Духа передан Свято-Троицкому Антониево-Сийскому монастырю, о чем 20 августа 2014 года подписан соответствующий акт. Настоятелем храма назначен иеромонах Феофил (Волик).

В 2015 году своими силами в притворе и трапезной храма силами проведены противоаварийные работы. Основная часть храма с алтарем законсервированы ввиду опасности обрушения кровли. С 28 ноября 2015 года в обустроенной части храма совершаются регулярные богослужения.

В настоящее время разработан проект восстановления храма. Согласно смете на приобретение леса для восстановления основного четверика и колокольни требуется 210.000 рублей. Общая стоимость восстановительных работ 1.680.000 рублей.